CSpectrumRBFKernel类参考

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详细描述

在文件SpectrumRBFKernel.h第29行定义。

继承图，类CSpectrumRBFKernel

所有成员的列表。

公有成员
	CSpectrumRBFKernel (int32_t size, float64_t *AA_matrix, int32_t degree, float64_t width)
	CSpectrumRBFKernel (CStringFeatures< char > *l, CStringFeatures< char > *r, int32_t size, float64_t *AA_matrix, int32_t degree, float64_t width)
virtual	~CSpectrumRBFKernel ()
virtual bool	init (CFeatures *l, CFeatures *r)
virtual void	cleanup ()
int32_t	get_degree () const
virtual EKernelType	get_kernel_type ()
virtual const char *	get_name () const
bool	set_degree (int32_t deg)
int32_t	get_degree ()
bool	set_AA_matrix (float64_t *AA_matrix_)
保护成员
float64_t	AA_helper (const char *path, const int degree, const char *joint_seq, unsigned int index)
void	read_profiles_and_sequences ()
float64_t	compute (int32_t idx_a, int32_t idx_b)
virtual void	remove_lhs ()
保护属性
CAlphabet *	alphabet
int32_t	degree
float64_t *	AA_matrix
float64_t	width
std::vector< std::vector < float64_t > >	profiles
std::vector< std::string >	sequence_labels
T_STRING< char > *	sequences
CStringFeatures< char > *	string_features
int32_t	nof_sequences
int32_t	max_sequence_length
bool	initialized
int32_t	max_mismatch
CArray2< float64_t >	kernel_matrix
int	target_letter_0

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构造及析构函数文档

CSpectrumRBFKernel	(	int32_t	size,
		float64_t *	AA_matrix,
		int32_t	degree,
		float64_t	width
	)

constructor

参数:

@param

degree degree

在文件SpectrumRBFKernel.cpp第39行定义。

CSpectrumRBFKernel	(	CStringFeatures< char > *	l,
		CStringFeatures< char > *	r,
		int32_t	size,
		float64_t *	AA_matrix,
		int32_t	degree,
		float64_t	width
	)

constructor

参数:

	l	features of left-hand side
	r	features of right-hand side
	degree	degree

在文件SpectrumRBFKernel.cpp第59行定义。

~CSpectrumRBFKernel

(

)

[virtual]

在文件SpectrumRBFKernel.cpp第71行定义。

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成员函数文档

float64_t AA_helper	(	const char *	path,
		const int	degree,
		const char *	joint_seq,
		unsigned int	index
	)			[protected]

在文件SpectrumRBFKernel.cpp第323行定义。

void cleanup

(

)

[virtual]

clean up kernel

重载CKernel。

在文件SpectrumRBFKernel.cpp第307行定义。

float64_t compute	(	int32_t	idx_a,
		int32_t	idx_b
	)			[protected, virtual]

compute kernel function for features a and b idx_{a,b} denote the index of the feature vectors in the corresponding feature object

参数:

	idx_a	index a
	idx_b	index b

返回:

computed kernel function at indices a,b

实现了CKernel。

在文件SpectrumRBFKernel.cpp第345行定义。

int32_t get_degree

(

)

const

get degree

返回:

degree of the kernel

在文件SpectrumRBFKernel.h第66行定义。

int32_t get_degree

(

)

get degree

返回:

degree

在文件SpectrumRBFKernel.h第94行定义。

virtual EKernelType get_kernel_type

(

)

[virtual]

return what type of kernel we are

返回:

kernel type

实现了CKernel。

在文件SpectrumRBFKernel.h第75行定义。

virtual const char* get_name

(

)

const [virtual]

return the kernel's name

返回:

name

实现了CSGObject。

在文件SpectrumRBFKernel.h第81行定义。

bool init	(	CFeatures *	l,
		CFeatures *	r
	)			[virtual]

initialize kernel

参数:

	l	features of left-hand side
	r	features of right-hand side

返回:

if initializing was successful

重载CStringKernel< char >。

在文件SpectrumRBFKernel.cpp第272行定义。

void read_profiles_and_sequences

(

)

[protected]

在文件SpectrumRBFKernel.cpp第84行定义。

void remove_lhs

(

)

[protected, virtual]

remove lhs from kernel

重载CKernel。

在文件SpectrumRBFKernel.cpp第78行定义。

bool set_AA_matrix

(

float64_t *

AA_matrix_

)

在文件SpectrumRBFKernel.cpp第368行定义。

bool set_degree

(

int32_t

deg

)

set degree

参数:

deg

new degree

返回:

if setting was successful

在文件SpectrumRBFKernel.h第88行定义。

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成员数据文档

float64_t* AA_matrix [protected]

maximum mismatch 128x128 scalar product matrix

在文件SpectrumRBFKernel.h第127行定义。

CAlphabet* alphabet [protected]

alphabet of features

在文件SpectrumRBFKernel.h第122行定义。

int32_t degree [protected]

degree

在文件SpectrumRBFKernel.h第124行定义。

bool initialized [protected]

if kernel is initialized

在文件SpectrumRBFKernel.h第142行定义。

CArray2<float64_t> kernel_matrix [protected]

this *COULD* store the whole kernel matrix usually not applicable / necessary to compute the whole matrix

重载CKernel。

在文件SpectrumRBFKernel.h第146行定义。

int32_t max_mismatch [protected]

在文件SpectrumRBFKernel.h第144行定义。

int32_t max_sequence_length [protected]

在文件SpectrumRBFKernel.h第139行定义。

int32_t nof_sequences [protected]

在文件SpectrumRBFKernel.h第138行定义。

std::vector< std::vector<float64_t> > profiles [protected]

在文件SpectrumRBFKernel.h第134行定义。

std::vector<std::string> sequence_labels [protected]

在文件SpectrumRBFKernel.h第135行定义。

T_STRING<char>* sequences [protected]

在文件SpectrumRBFKernel.h第136行定义。

CStringFeatures<char>* string_features [protected]

在文件SpectrumRBFKernel.h第137行定义。

int target_letter_0 [protected]

在文件SpectrumRBFKernel.h第147行定义。

float64_t width [protected]

width of Gaussian

在文件SpectrumRBFKernel.h第129行定义。

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该类的文档由以下文件生成：

• SpectrumRBFKernel.h
• SpectrumRBFKernel.cpp