详细描述

class IntronList

在文件SegmentLoss.h第26行定义。

继承图，类CSegmentLoss

公有成员
	CSegmentLoss ()
virtual	~CSegmentLoss ()
float32_t	get_segment_loss (int32_t from_pos, int32_t to_pos, int32_t segment_id)
float32_t	get_segment_loss_extend (int32_t from_pos, int32_t to_pos, int32_t segment_id)
void	set_segment_loss (float64_t *segment_loss, int32_t m, int32_t n)
void	set_segment_ids (CArray< int32_t > *segment_ids)
void	set_segment_mask (CArray< float64_t > *segment_mask)
void	set_num_segment_types (int32_t num_segment_types)
void	compute_loss (int32_t *all_pos, int32_t len)
virtual const char *	get_name () const
保护属性
CArray2< float32_t >	m_segment_loss_matrix
CArray3< float64_t >	m_segment_loss
CArray< int32_t > *	m_segment_ids
CArray< float64_t > *	m_segment_mask
int32_t	m_num_segment_types

构造及析构函数文档

CSegmentLoss ( )

constructor

在文件SegmentLoss.cpp第16行定义。

~CSegmentLoss ( ) [virtual]

在文件SegmentLoss.cpp第25行定义。

成员函数文档

void compute_loss	(	int32_t *	all_pos,
		int32_t	len
	)

compute loss

参数:

	all_pos	all candidate positions
	len	number of positions

在文件SegmentLoss.cpp第50行定义。

virtual const char* get_name ( ) const [virtual]

返回:: object name

实现了CSGObject。

在文件SegmentLoss.h第93行定义。

float32_t get_segment_loss	(	int32_t	from_pos,
		int32_t	to_pos,
		int32_t	segment_id
	)

get segment loss for a given range

参数:

	from_pos	start position
	to_pos	end position
	segment_id	type of the segment

在文件SegmentLoss.h第115行定义。

float32_t get_segment_loss_extend	(	int32_t	from_pos,
		int32_t	to_pos,
		int32_t	segment_id
	)

get segment loss for a given range

参数:

	from_pos	start position
	to_pos	end position
	segment_id	type of the segment

在文件SegmentLoss.h第153行定义。

void set_num_segment_types ( int32_t num_segment_types )

set num segment types

参数:

num_segment_types

num segment types

在文件SegmentLoss.h第78行定义。

void set_segment_ids ( CArray< int32_t > * segment_ids )

set best path segmend ids

参数:

segment_ids

segment ids

在文件SegmentLoss.cpp第40行定义。

void set_segment_loss	(	float64_t *	segment_loss,
		int32_t	m,
		int32_t	n
	)

set best path segment loss

参数:

	segment_loss	segment loss
	m	number of segment id1
	n	number of segment id2

在文件SegmentLoss.cpp第29行定义。

void set_segment_mask ( CArray< float64_t > * segment_mask )

mask parts of the sequence such that there is no loss incured there; this is used if there is uncertainty in the label

参数:

segment_mask

mask

在文件SegmentLoss.cpp第45行定义。

成员数据文档

int32_t m_num_segment_types [protected]

number of different segment types (former: max_a_id)

在文件SegmentLoss.h第112行定义。

CArray<int32_t>* m_segment_ids [protected]

segment IDs

在文件SegmentLoss.h第106行定义。

CArray3<float64_t> m_segment_loss [protected]

segment loss two square matrices: one for segment based loss and one for length contribution

在文件SegmentLoss.h第103行定义。

CArray2<float32_t> m_segment_loss_matrix [protected]

segment loss matrix

在文件SegmentLoss.h第97行定义。

CArray<float64_t>* m_segment_mask [protected]

segment mask

在文件SegmentLoss.h第109行定义。

该类的文档由以下文件生成：

CSegmentLoss类参考

详细描述

公有成员

保护属性

构造及析构函数文档

成员函数文档

成员数据文档