详细描述

The class SNPStringKernel computes a variant of the polynomial kernel on strings of same length.

It is computed as FIXME

$k({\bf x},{\bf x'})= (\sum_{i=0}^{L-1} I(x_i=x'_i)+c)^d$

where I is the indicator function which evaluates to 1 if its argument is true and to 0 otherwise.

Note that additional normalisation is applied, i.e.

$k'({\bf x}, {\bf x'})=\frac{k({\bf x}, {\bf x'})}{\sqrt{k({\bf x}, {\bf x})k({\bf x'}, {\bf x'})}}$

在文件SNPStringKernel.h第36行定义。

继承图，类CSNPStringKernel

[图例]

所有成员的列表。

公有成员
	CSNPStringKernel (int32_t size, int32_t degree, int32_t win_len, bool inhomogene)
	CSNPStringKernel (CStringFeatures< char > l, CStringFeatures< char > r, int32_t degree, int32_t win_len, bool inhomogene)
virtual	~CSNPStringKernel ()
virtual bool	init (CFeatures l, CFeatures r)
virtual void	cleanup ()
virtual EKernelType	get_kernel_type ()
void	set_minor_base_string (const char *str)
void	set_major_base_string (const char *str)
char *	get_minor_base_string ()
char *	get_major_base_string ()
void	obtain_base_strings ()
virtual const char *	get_name () const
保护成员
virtual float64_t	compute (int32_t idx_a, int32_t idx_b)
保护属性
int32_t	m_degree
int32_t	m_win_len
bool	m_inhomogene
int32_t	m_str_len
char *	m_str_min
char *	m_str_maj

构造及析构函数文档

CSNPStringKernel	(	int32_t	size,
		int32_t	degree,
		int32_t	win_len,
		bool	inhomogene
	)

constructor

参数:

	size	cache size
	degree	degree
	win_len	length of local window
	inhomogene	whether inhomogeneous poly

在文件SNPStringKernel.cpp第20行定义。

CSNPStringKernel	(	CStringFeatures< char > *	l,
		CStringFeatures< char > *	r,
		int32_t	degree,
		int32_t	win_len,
		bool	inhomogene
	)

constructor

参数:

	l	features of left-hand side
	r	features of right-hand side
	degree	degree
	win_len	length of local window
	inhomogene	whether inhomogeneous poly

在文件SNPStringKernel.cpp第30行定义。

~CSNPStringKernel ( ) [virtual]

在文件SNPStringKernel.cpp第44行定义。

成员函数文档

void cleanup ( ) [virtual]

clean up kernel

重载CKernel。

在文件SNPStringKernel.cpp第55行定义。

float64_t compute	(	int32_t	idx_a,
		int32_t	idx_b
	)			`[protected, virtual]`

compute kernel function for features a and b idx_{a,b} denote the index of the feature vectors in the corresponding feature object

参数:

	idx_a	index a
	idx_b	index b

返回:: computed kernel function at indices a,b

实现了CKernel。

在文件SNPStringKernel.cpp第117行定义。

virtual EKernelType get_kernel_type ( ) [virtual]

return what type of kernel we are

返回:: kernel type POLYMATCH

实现了CKernel。

在文件SNPStringKernel.h第77行定义。

char* get_major_base_string ( )

在文件SNPStringKernel.h第97行定义。

char* get_minor_base_string ( )

在文件SNPStringKernel.h第92行定义。

virtual const char* get_name ( ) const [virtual]

return the kernel's name

返回:: name PolyMatchString

实现了CSGObject。

在文件SNPStringKernel.h第108行定义。

bool init	(	CFeatures *	l,
		CFeatures *	r
	)			`[virtual]`

initialize kernel

参数:

	l	features of left-hand side
	r	features of right-hand side

返回:: if initializing was successful

重载CStringKernel< char >。

在文件SNPStringKernel.cpp第49行定义。

void obtain_base_strings ( )

在文件SNPStringKernel.cpp第62行定义。

void set_major_base_string ( const char * str )

在文件SNPStringKernel.h第87行定义。

void set_minor_base_string ( const char * str )

在文件SNPStringKernel.h第82行定义。

成员数据文档

int32_t m_degree [protected]

degree

在文件SNPStringKernel.h第123行定义。

bool m_inhomogene [protected]

inhomogeneous poly kernel ?

在文件SNPStringKernel.h第128行定义。

int32_t m_str_len [protected]

total string length / must match length of min/maj strings and string length of each vector

在文件SNPStringKernel.h第132行定义。

char* m_str_maj [protected]

allele B

在文件SNPStringKernel.h第137行定义。

char* m_str_min [protected]

allele A

在文件SNPStringKernel.h第135行定义。

int32_t m_win_len [protected]

window length

在文件SNPStringKernel.h第125行定义。

该类的文档由以下文件生成：

CSNPStringKernel类参考

详细描述

公有成员

保护成员

保护属性

构造及析构函数文档

成员函数文档

成员数据文档