详细描述

Features that compute the Weighted Degreee Kernel feature space explicitly.

参见:: CWeightedDegreeStringKernel

在文件SNPFeatures.h第27行定义。

继承图，类CSNPFeatures

公有成员
	CSNPFeatures (CStringFeatures< uint8_t > *str)
	CSNPFeatures (const CSNPFeatures &orig)
virtual	~CSNPFeatures ()
virtual int32_t	get_dim_feature_space ()
virtual float64_t	dot (int32_t vec_idx1, int32_t vec_idx2)
virtual float64_t	dense_dot (int32_t vec_idx1, const float64_t *vec2, int32_t vec2_len)
virtual void	add_to_dense_vec (float64_t alpha, int32_t vec_idx1, float64_t *vec2, int32_t vec2_len, bool abs_val=false)
virtual int32_t	get_nnz_features_for_vector (int32_t num)
virtual void *	get_feature_iterator (int32_t vector_index)
virtual bool	get_next_feature (int32_t &index, float64_t &value, void *iterator)
virtual void	free_feature_iterator (void *iterator)
virtual CFeatures *	duplicate () const
virtual EFeatureType	get_feature_type ()
virtual EFeatureClass	get_feature_class ()
virtual int32_t	get_num_vectors ()
virtual int32_t	get_size ()
void	set_normalization_const (float64_t n=0)
float64_t	get_normalization_const ()
void	set_minor_base_string (const char *str)
void	set_major_base_string (const char *str)
char *	get_minor_base_string ()
char *	get_major_base_string ()
void	obtain_base_strings ()
virtual const char *	get_name () const
保护属性
CStringFeatures< uint8_t > *	strings
int32_t	string_length
int32_t	num_strings
int32_t	w_dim
float64_t	normalization_const
uint8_t *	m_str_min
uint8_t *	m_str_maj

构造及析构函数文档

CSNPFeatures ( CStringFeatures< uint8_t > * str )

constructor

参数:

str

stringfeatures (of bytes)

在文件SNPFeatures.cpp第17行定义。

CSNPFeatures ( const CSNPFeatures & orig )

copy constructor

在文件SNPFeatures.cpp第38行定义。

~CSNPFeatures ( ) [virtual]

destructor

在文件SNPFeatures.cpp第54行定义。

成员函数文档

void add_to_dense_vec	(	float64_t	alpha,
		int32_t	vec_idx1,
		float64_t *	vec2,
		int32_t	vec2_len,
		bool	abs_val = `false`
	)			`[virtual]`

add vector 1 multiplied with alpha to dense vector2

参数:

	alpha	scalar alpha
	vec_idx1	index of first vector
	vec2	pointer to real valued vector
	vec2_len	length of real valued vector
	abs_val	if true add the absolute value

实现了CDotFeatures。

在文件SNPFeatures.cpp第151行定义。

float64_t dense_dot	(	int32_t	vec_idx1,
		const float64_t *	vec2,
		int32_t	vec2_len
	)			`[virtual]`

compute dot product between vector1 and a dense vector

参数:

	vec_idx1	index of first vector
	vec2	pointer to real valued vector
	vec2_len	length of real valued vector

实现了CDotFeatures。

在文件SNPFeatures.cpp第112行定义。

float64_t dot	(	int32_t	vec_idx1,
		int32_t	vec_idx2
	)			`[virtual]`

compute dot product between vector1 and vector2, appointed by their indices

参数:

	vec_idx1	index of first vector
	vec_idx2	index of second vector

实现了CDotFeatures。

在文件SNPFeatures.cpp第59行定义。

CFeatures * duplicate ( ) const [virtual]

duplicate feature object

返回:: feature object

实现了CFeatures。

在文件SNPFeatures.cpp第263行定义。

void free_feature_iterator ( void * iterator ) [virtual]

clean up iterator call this function with the iterator returned by get_first_feature

参数:

iterator

as returned by get_first_feature

实现了CDotFeatures。

在文件SNPFeatures.cpp第259行定义。

virtual int32_t get_dim_feature_space ( ) [virtual]

obtain the dimensionality of the feature space

(not mix this up with the dimensionality of the input space, usually obtained via get_num_features())

返回:: dimensionality

实现了CDotFeatures。

在文件SNPFeatures.h第50行定义。

virtual EFeatureClass get_feature_class ( ) [virtual]

get feature class

返回:: feature class

实现了CFeatures。

在文件SNPFeatures.h第140行定义。

void * get_feature_iterator ( int32_t vector_index ) [virtual]

iterate over the non-zero features

call get_feature_iterator first, followed by get_next_feature and free_feature_iterator to cleanup

参数:

vector_index

the index of the vector over whose components to iterate over

返回:: feature iterator (to be passed to get_next_feature)

实现了CDotFeatures。

在文件SNPFeatures.cpp第249行定义。

virtual EFeatureType get_feature_type ( ) [virtual]

get feature type

返回:: templated feature type

实现了CFeatures。

在文件SNPFeatures.h第131行定义。

char* get_major_base_string ( )

return the major base string

返回:: major base string

在文件SNPFeatures.h第207行定义。

char* get_minor_base_string ( )

get the minor base string

返回:: the minor base string

在文件SNPFeatures.h第197行定义。

virtual const char* get_name ( ) const [virtual]

返回:: object name

实现了CSGObject。

在文件SNPFeatures.h第217行定义。

bool get_next_feature	(	int32_t &	index,
		float64_t &	value,
		void *	iterator
	)			`[virtual]`

iterate over the non-zero features

call this function with the iterator returned by get_first_feature and call free_feature_iterator to cleanup

参数:

	index	is returned by reference (-1 when not available)
	value	is returned by reference
	iterator	as returned by get_first_feature

返回:: true if a new non-zero feature got returned

实现了CDotFeatures。

在文件SNPFeatures.cpp第254行定义。

virtual int32_t get_nnz_features_for_vector ( int32_t num ) [virtual]

get number of non-zero features in vector

参数:

num

which vector

返回:: number of non-zero features in vector

实现了CDotFeatures。

在文件SNPFeatures.h第86行定义。

float64_t get_normalization_const ( )

get normalization constant

在文件SNPFeatures.h第168行定义。

virtual int32_t get_num_vectors ( ) [virtual]

get number of vectors

返回:: number of vectors

实现了CFeatures。

在文件SNPFeatures.h第149行定义。

virtual int32_t get_size ( ) [virtual]

get memory footprint of one feature

返回:: memory footprint of one feature

实现了CFeatures。

在文件SNPFeatures.h第158行定义。

void obtain_base_strings ( )

compute the basee strings from current strings

在文件SNPFeatures.cpp第190行定义。

void set_major_base_string ( const char * str )

set the major base string

参数:

str

base string

在文件SNPFeatures.h第187行定义。

void set_minor_base_string ( const char * str )

set the minor base string

参数:

str

base string

在文件SNPFeatures.h第177行定义。

void set_normalization_const ( float64_t n = 0 )

set normalization constant

参数:

n

n=0 means automagic

在文件SNPFeatures.cpp第236行定义。

成员数据文档

uint8_t* m_str_maj [protected]

allele B

在文件SNPFeatures.h第236行定义。

uint8_t* m_str_min [protected]

allele A

在文件SNPFeatures.h第234行定义。

float64_t normalization_const [protected]

normalization const

在文件SNPFeatures.h第231行定义。

int32_t num_strings [protected]

number of strings

在文件SNPFeatures.h第226行定义。

int32_t string_length [protected]

length of string in vector

在文件SNPFeatures.h第224行定义。

CStringFeatures<uint8_t>* strings [protected]

stringfeatures the wdfeatures are based on

在文件SNPFeatures.h第221行定义。

int32_t w_dim [protected]

dim of feature space

在文件SNPFeatures.h第228行定义。

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CSNPFeatures类参考

详细描述

公有成员

保护属性

构造及析构函数文档

成员函数文档

成员数据文档