详细描述

The LocalAlignmentString kernel compares two sequences through all possible local alignments between the two sequences.

The implementation is taken from http://www.mloss.org/software/view/40/ and only adjusted to work with shogun.

继承图，类CLocalAlignmentStringKernel

公有成员
	CLocalAlignmentStringKernel (int32_t size)
	CLocalAlignmentStringKernel (CStringFeatures< char > l, CStringFeatures< char > r)
virtual	~CLocalAlignmentStringKernel ()
virtual bool	init (CFeatures l, CFeatures r)
virtual void	cleanup ()
virtual EKernelType	get_kernel_type ()
virtual const char *	get_name () const
保护成员
virtual float64_t	compute (int32_t idx_a, int32_t idx_b)
保护属性
bool	initialized
int32_t *	isAA
int32_t *	aaIndex
int32_t	opening
int32_t	extension
int32_t *	scaled_blosum
静态保护属性
static int32_t	logsum_lookup [LOGSUM_TBL]
static const int32_t	blosum []
static const char *	aaList = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYV"

构造及析构函数文档

CLocalAlignmentStringKernel ( int32_t size )

constructor

参数:

size

cache size

在文件LocalAlignmentStringKernel.cpp第97行定义。

CLocalAlignmentStringKernel	(	CStringFeatures< char > *	l,
		CStringFeatures< char > *	r
	)

constructor

参数:

	l	features of left-hand side
	r	features of right-hand side

在文件LocalAlignmentStringKernel.cpp第105行定义。

~CLocalAlignmentStringKernel ( ) [virtual]

在文件LocalAlignmentStringKernel.cpp第115行定义。

成员函数文档

void cleanup ( ) [virtual]

clean up kernel

重载CKernel。

在文件LocalAlignmentStringKernel.cpp第127行定义。

float64_t compute	(	int32_t	idx_a,
		int32_t	idx_b
	)			`[protected, virtual]`

compute kernel function for features a and b idx_{a,b} denote the index of the feature vectors in the corresponding feature object

参数:

	idx_a	index a
	idx_b	index b

返回:: computed kernel function at indices a,b

实现了CKernel。

在文件LocalAlignmentStringKernel.cpp第360行定义。

virtual EKernelType get_kernel_type ( ) [virtual]

return what type of kernel we are

返回:: kernel type LOCALALIGNMENT

实现了CKernel。

在文件LocalAlignmentStringKernel.h第60行定义。

virtual const char* get_name ( ) const [virtual]

return the kernel's name

返回:: name LocalAlignment

实现了CSGObject。

在文件LocalAlignmentStringKernel.h第69行定义。

bool init	(	CFeatures *	l,
		CFeatures *	r
	)			`[virtual]`

initialize kernel

参数:

	l	features of left-hand side
	r	features of right-hand side

返回:: if initializing was successful

重载CStringKernel< char >。

在文件LocalAlignmentStringKernel.cpp第120行定义。

成员数据文档

int32_t* aaIndex [protected]

correspondance between amino-acid letter and index

在文件LocalAlignmentStringKernel.h第123行定义。

const char * aaList = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYV" [static, protected]

List of amino acids

在文件LocalAlignmentStringKernel.h第137行定义。

const int32_t blosum [static, protected]

初始化序列：

 {
  6,
 -2,   8,
 -2,  -1,   9,
  -3,  -2,   2,   9,
  -1,  -5,  -4,  -5,  13,
  -1,   1,   0,   0,  -4,   8,
  -1,   0,   0,   2,  -5,   3,   7,
  0,  -3,  -1,  -2,  -4,  -3,  -3,   8,
  -2,   0,   1,  -2,  -4,   1,   0,  -3,  11,
  -2,  -5,  -5,  -5,  -2,  -4,  -5,  -6,  -5,   6,
  -2,  -3,  -5,  -5,  -2,  -3,  -4,  -5,  -4,   2,   6,
  -1,   3,   0,  -1,  -5,   2,   1,  -2,  -1,  -4,  -4,   7,
  -1,  -2,  -3,  -5,  -2,  -1,  -3,  -4,  -2,   2,   3,  -2,   8,
  -3,  -4,  -5,  -5,  -4,  -5,  -5,  -5,  -2,   0,   1,  -5,   0,   9,
  -1,  -3,  -3,  -2,  -4,  -2,  -2,  -3,  -3,  -4,  -4,  -2,  -4,  -5,  11,
  2,  -1,   1,   0,  -1,   0,   0,   0,  -1,  -4,  -4,   0,  -2,  -4,  -1,   6,
  0,  -2,   0,  -2,  -1,  -1,  -1,  -2,  -3,  -1,  -2,  -1,  -1,  -3,  -2,   2,   7,
  -4,  -4,  -6,  -6,  -3,  -3,  -4,  -4,  -4,  -4,  -2,  -4,  -2,   1,  -6,  -4,  -4,  16,
  -3,  -3,  -3,  -5,  -4,  -2,  -3,  -5,   3,  -2,  -2,  -3,  -1,   4,  -4,  -3,  -2,   3,  10,
  0,  -4,  -4,  -5,  -1,  -3,  -4,  -5,  -5,   4,   1,  -3,   1,  -1,  -4,  -2,   0,  -4,  -2,   6}

static blosum

在文件LocalAlignmentStringKernel.h第133行定义。

int32_t extension [protected]

gap penalty extension

在文件LocalAlignmentStringKernel.h第128行定义。

bool initialized [protected]

if kernel is initialized

在文件LocalAlignmentStringKernel.h第118行定义。

int32_t* isAA [protected]

indicates whether a char is an amino-acid

在文件LocalAlignmentStringKernel.h第121行定义。

int32_t logsum_lookup [static, protected]