Package org.snpeff.pdb

Class DistanceResult

java.lang.Object
org.snpeff.pdb.DistanceResult
public class DistanceResult extends Object

  • Field Details

    • debug

      public static boolean debug

    • pdbId

      public String pdbId

    • pdbChainId1

      public String pdbChainId1

    • pdbChainId2

      public String pdbChainId2

    • aaPos1

      public int aaPos1

    • aaPos2

      public int aaPos2

    • aa1

      public char aa1

    • aa2

      public char aa2

    • distance

      public double distance

    • trId1

      public String trId1

    • trId2

      public String trId2

    • chr1

      public String chr1

    • chr2

      public String chr2

    • pos1

      public int pos1

    • pos2

      public int pos2

  • Constructor Details

    • DistanceResult

      public DistanceResult()

    • DistanceResult

      public DistanceResult(org.biojava.nbio.structure.AminoAcid aa1, org.biojava.nbio.structure.AminoAcid aa2, Transcript tr1, Transcript tr2, double distance)

    • DistanceResult

      public DistanceResult(String line)

  • Method Details

    • compareByPos

      public int compareByPos(DistanceResult d)
      Compare by genomic position

    • equalPos

      public boolean equalPos(DistanceResult d)
      Same genomic positions

    • getId

      public String getId()

    • hasValidCoords

      public boolean hasValidCoords()

    • setAa1

      public void setAa1(org.biojava.nbio.structure.AminoAcid aa)

    • setAa2

      public void setAa2(org.biojava.nbio.structure.AminoAcid aa)

    • setTr1

      public void setTr1(Transcript tr)

    • setTr2

      public void setTr2(Transcript tr)

    • toString

      public String toString()
      Overrides:
      toString in class Object

    • toStringPos

      public String toStringPos()
      Show genomic positions only