Method Detail

• getAtomicAndIsotopeNumber

  int getAtomicAndIsotopeNumber()

• getAtomName

  java.lang.String getAtomName()

• getAtomSite

  int getAtomSite()

• getBondedAtomIndex

  int getBondedAtomIndex​(int j)

• getCovalentBondCount

  int getCovalentBondCount()

• getCovalentHydrogenCount

  int getCovalentHydrogenCount()

• getEdges

  Edge[] getEdges()

• getElementNumber

  int getElementNumber()

• getFormalCharge

  int getFormalCharge()

• getIndex

  int getIndex()

• getIsotopeNumber

  int getIsotopeNumber()

• getValence

  int getValence()

• set

  void set​(float x,
           float y,
           float z)

• getMoleculeNumber

  int getMoleculeNumber​(boolean inModel)

• getFloatProperty

  float getFloatProperty​(java.lang.String property)

  Parameters:

  property - "property_xxxx"

  Returns:

  value or Float.NaN

• findAtomsLike

  BS findAtomsLike​(java.lang.String substring)

• getAtomType

  java.lang.String getAtomType()

• getModelIndex

  int getModelIndex()

• getBondCount

  int getBondCount()

• getAtomNumber

  int getAtomNumber()

• getImplicitHydrogenCount

  int getImplicitHydrogenCount()

  can be > 0 for PDB model with no H atoms or for SMILES string CCC

  Returns:

  number of missing H atoms

• getCovalentBondCountPlusMissingH

  int getCovalentBondCountPlusMissingH()

  includes actual + missing

  Returns:

  actual + missing

• getTotalHydrogenCount

  int getTotalHydrogenCount()

• getTotalValence

  int getTotalValence()

• getBioStructureTypeName

  java.lang.String getBioStructureTypeName()

• getGroup1

  java.lang.String getGroup1​(char c0)

• getGroup3

  java.lang.String getGroup3​(boolean allowNull)

• getResno

  int getResno()

• getInsertionCode

  char getInsertionCode()

• getChainID

  int getChainID()

• getChainIDStr

  java.lang.String getChainIDStr()

• getOffsetResidueAtom

  int getOffsetResidueAtom​(java.lang.String name,
                           int offset)

• getCrossLinkVector

  boolean getCrossLinkVector​(javajs.util.Lst<java.lang.Integer> vReturn,
                             boolean crosslinkCovalent,
                             boolean crosslinkHBond)

• getGroupBits

  void getGroupBits​(BS bs)

• isLeadAtom

  boolean isLeadAtom()

• isCrossLinked

  boolean isCrossLinked​(Node node)

• isPurine

  boolean isPurine()

• isPyrimidine

  boolean isPyrimidine()

• isDeleted

  boolean isDeleted()

• getBioSmilesType

  char getBioSmilesType()