Field Detail

• renderEdges

  private boolean renderEdges

• ladderOnly

  private boolean ladderOnly

• renderRibose

  private boolean renderRibose

• rPt

  private javajs.util.P3[] rPt

• rPt5

  private javajs.util.P3[] rPt5

• rScr

  private javajs.util.P3[] rScr

• rScr5

  private javajs.util.P3[] rScr5

• basePt

  private javajs.util.P3 basePt

• backbonePt

  private javajs.util.P3 backbonePt

• baseScreen

  private javajs.util.P3 baseScreen

• backboneScreen

  private javajs.util.P3 backboneScreen

• vwr

  private Viewer vwr

• tm

  private TransformManager tm

• g3d

  private JmolRendererInterface g3d

• bsr

  private BioShapeRenderer bsr

• colix

  private short colix

Constructor Detail

• NucleicRenderer

  public NucleicRenderer()

Method Detail

• renderNucleic

  void renderNucleic​(BioShapeRenderer renderer)

• renderNucleicBaseStep

  private void renderNucleicBaseStep​(int im)

• transformPoints

  private void transformPoints​(int count,
                               javajs.util.T3[] angstroms,
                               javajs.util.P3[] screens)

• drawEdges

  private void drawEdges​(javajs.util.P3[] scr,
                         javajs.util.P3[] pt,
                         int n)

• renderLeontisWesthofEdges

  private void renderLeontisWesthofEdges​(NucleicMonomer nucleotide)

• renderEdge

  private void renderEdge​(javajs.util.P3[] scr,
                          javajs.util.P3[] pt,
                          int i,
                          int j)

• renderCyl

  private void renderCyl​(javajs.util.P3 s1,
                         javajs.util.P3 s2,
                         javajs.util.P3 p1,
                         javajs.util.P3 p2)

• renderTriangle

  private void renderTriangle​(javajs.util.P3[] scr,
                              javajs.util.P3[] pt,
                              int i,
                              int j,
                              int k,
                              boolean doShade)

  Parameters:

  scr -

  pt -

  i -

  j -

  k -

  doShade - if shade was not calculated previously;

• renderRing6

  private void renderRing6()

• renderRing5

  private void renderRing5()

• renderRibose

  private void renderRibose()