Field Detail

• RAD_TO_DEG

  public static final double RAD_TO_DEG

  See Also:

  Constant Field Values

• DEG_TO_RAD

  public static final double DEG_TO_RAD

  See Also:

  Constant Field Values

• KCAL_TO_KJ

  static final double KCAL_TO_KJ

  See Also:

  Constant Field Values

• CALC_DISTANCE

  static final int CALC_DISTANCE

  See Also:

  Constant Field Values

• CALC_ANGLE

  static final int CALC_ANGLE

  See Also:

  Constant Field Values

• CALC_STRETCH_BEND

  static final int CALC_STRETCH_BEND

  See Also:

  Constant Field Values

• CALC_TORSION

  static final int CALC_TORSION

  See Also:

  Constant Field Values

• CALC_OOP

  static final int CALC_OOP

  See Also:

  Constant Field Values

• CALC_VDW

  static final int CALC_VDW

  See Also:

  Constant Field Values

• CALC_ES

  static final int CALC_ES

  See Also:

  Constant Field Values

• CALC_MAX

  static final int CALC_MAX

  See Also:

  Constant Field Values

• parA

  FFParam parA

• parB

  FFParam parB

• parC

  FFParam parC

• ff

  ForceField ff

• calculations

  javajs.util.Lst<java.lang.Object[]>[] calculations

• ffParams

  java.util.Map<java.lang.Object,​java.lang.Object> ffParams

• ac

  int ac

• bondCount

  int bondCount

• angleCount

  int angleCount

• torsionCount

  int torsionCount

• minAtoms

  MinAtom[] minAtoms

• minBonds

  MinBond[] minBonds

• minAngles

  MinAngle[] minAngles

• minTorsions

  MinTorsion[] minTorsions

• minPositions

  MinPosition[] minPositions

• constraints

  javajs.util.Lst<java.lang.Object[]> constraints

• isPreliminary

  boolean isPreliminary

• gradients

  boolean gradients

• silent

  boolean silent

• logData

  javajs.util.SB logData

• logging

  boolean logging

• loggingEnabled

  boolean loggingEnabled

• da

  final javajs.util.V3d da

• db

  final javajs.util.V3d db

• dc

  final javajs.util.V3d dc

• dd

  final javajs.util.V3d dd

• ia

  int ia

• ib

  int ib

• ic

  int ic

• id

  int id

• v1

  final javajs.util.V3d v1

• v2

  final javajs.util.V3d v2

• v3

  final javajs.util.V3d v3

• PI_OVER_2

  private static final double PI_OVER_2

  See Also:

  Constant Field Values

• TWO_PI

  private static final double TWO_PI

  See Also:

  Constant Field Values

Constructor Detail

• Calculations

  Calculations​(ForceField ff,
               MinAtom[] minAtoms,
               MinBond[] minBonds,
               MinAngle[] minAngles,
               MinTorsion[] minTorsions,
               MinPosition[] minPositions,
               javajs.util.Lst<java.lang.Object[]> constraints)

Method Detail

• getParameterObj

  abstract java.lang.Object getParameterObj​(MinObject o)

• getParameter

  java.lang.Object getParameter​(java.lang.Object o)

• setConstraints

  public void setConstraints​(javajs.util.Lst<java.lang.Object[]> constraints)

• setupCalculations

  abstract boolean setupCalculations()

• getUnits

  abstract java.lang.String getUnits()

• compute

  abstract double compute​(int iType,
                          java.lang.Object[] dataIn)

• addForce

  void addForce​(javajs.util.V3d v,
                int i,
                double dE)

• setSilent

  public void setSilent​(boolean TF)

• getLogData

  public java.lang.String getLogData()

• appendLogData

  void appendLogData​(java.lang.String s)

• setLoggingEnabled

  void setLoggingEnabled​(boolean TF)

• setPreliminary

  void setPreliminary​(boolean TF)

• pairSearch

  protected void pairSearch​(javajs.util.Lst<java.lang.Object[]> calc1,
                            Calculation pc1,
                            javajs.util.Lst<java.lang.Object[]> calc2,
                            Calculation pc2)

• calc

  private double calc​(int iType,
                      boolean gradients)

• energyStrBnd

  double energyStrBnd​(boolean gradients)

• energyBond

  double energyBond​(boolean gradients)

• energyAngle

  double energyAngle​(boolean gradients)

• energyTorsion

  double energyTorsion​(boolean gradients)

• energyStretchBend

  double energyStretchBend​(boolean gradients)

• energyOOP

  double energyOOP​(boolean gradients)

• energyVDW

  double energyVDW​(boolean gradients)

• energyES

  double energyES​(boolean gradients)

• constraintEnergy

  private double constraintEnergy​(int iType)

• constrainQuadratic

  private double constrainQuadratic​(double value,
                                    double targetValue,
                                    double k,
                                    int iType)

• getConstraintList

  void getConstraintList()

• getAtomList

  java.lang.String getAtomList​(java.lang.String title)

• getDebugHeader

  abstract java.lang.String getDebugHeader​(int iType)

• getDebugHeader2

  protected java.lang.String getDebugHeader2​(int iType)

• getDebugLine

  java.lang.String getDebugLine​(int iType,
                                Calculation c)

• getDebugLineC

  protected java.lang.String getDebugLineC​(int iType,
                                           Calculation c)

• getDebugFooter

  java.lang.String getDebugFooter​(int iType,
                                  double energy)

• setPairVariables

  void setPairVariables​(Calculation c)

• setAngleVariables

  void setAngleVariables​(Calculation c)

• setOopVariables

  void setOopVariables​(Calculation c,
                       boolean fixTheta)

• setTorsionVariables

  void setTorsionVariables​(Calculation c)

• setCoords

  void setCoords​(Calculation c,
                 int n)

• addForces

  void addForces​(Calculation c,
                 int n)

• isLinear

  boolean isLinear​(int i)

  Parameters:

  i -

  Returns:

  T/F